窖泥功能菌中霉菌含量有很多，包括能够使淀粉转化为糖并生成酒的糖化酶、液化酶，窖池窖泥产香物质菌种己酸菌、甲烷菌、复合功能菌株等，整个生产过程在一个复杂的酶系中进行，才能生产出品质优良的白酒。浓香型白酒功能菌主要含有己酸菌、黑曲霉、产酯酵母和酯化红曲，还含有少量米曲霉和干酵母，应用在浓香型白酒窖泥培养或发酵过程中。主要作用是增加己酸乙酯含量，提高浓香型大曲酒的质量，养护窖泥。清香型白酒功能菌含有根霉、黑曲霉、厌氧型产酯酵母和酯化红曲，少量干酵母，应用在清香型大曲白酒和小曲白酒发酵过程中。主要作用是增加乙酸乙酯含量，提高清香型白酒质量。酱香型白酒功能菌主要含有米曲霉、黑曲霉、产酯酵母和酯化红曲，少量根霉和干酵母，应用在酱香型白酒发酵过程中。主要作用是增加酱香成分。